Dopo essersi stabilito a Green Hills, Sonic non vede l’ora di dimostrare che ha tutto ciò che serve per essere un vero eroe. La nuova sfida non si fa attendere: il Dr. Robotnik è tornato con un nuovo alleato, Knuckles, che lo aiuterà nella ricerca di uno smeraldo che ha il potere di distruggere la civiltà. Con il suo nuovo compagno d’avventura Tails, Sonic intraprende un viaggio in giro per il mondo per trovare lo smeraldo prima che cada nelle mani sbagliate.