Snake Eyes, un guerriero solitario, salva la vita dell'erede legittimo di un clan antico e segreto del Giappone: l'Arashikage. Qui Snake Eyes impara le vie dei guerrieri ninja e trova finalmente un posto dove appartenere, un posto da poter chiamare casa. Tuttavia alcuni segreti del suo passato vengono a galla, l'onore e le fedeltà di Snake Eyes verranno messi alla prova, anche se questo significa perdere la fiducia di chi gli è più vicino.