SpongeBob è mosso dal desiderio intimo e viscerale di dimostrare a se' stesso e a Mr. Krabs di avere il temperamento e il cuore di un "vero eroe", per fare questo decide di lasciarsi alle spalle la cucina del Krusty Krab e guidare gli amici di sempre, Patrick, Squiddi, Sandy e Plankton, in una spedizione verso gli angoli più remoti e pericolosi dell'oceano. L'obiettivo è recuperare un antico manufatto perduto legato alle leggende dei pirati; il viaggio li spinge ben oltre i confini di quello che conoscono e li porta fino agli Abissi Profondi e nel misterioso Sottomondo, una regione sommersa dove le leggi della natura sembrano non esistere e dove regna l'ombra delle antiche navi pirata.